mNGS/tNGS再升级：追踪新冠病毒最新变异！
2023-01-07 阅读数：3937
截至2023年1月6号，COVID-19已造成全球670万人死亡，6.62亿人确诊[1]，是人类历史上大规模流行病之一。
科学家们以史无前例的速度研发疫苗，但病毒变异的速度远超我们想象，最早在武汉出现的毒株几乎消失不见，随之而来的是连续不断的变异株：alpha、beta、gamma、delta、omicron等等。
当前，全球共享流感数据倡议组织 (GISAID) 开放平台上，新型冠状病毒总基因序列数目总计达到14,463,569[2]，现阶段国内流行株为Omicron BA.5.2和BF.7，最近陆续出现新型毒株BQ.1和XBB，但尚未形成大规模传播。
新型冠状病毒在进化过程中，传播力和免疫逃逸能力逐渐增加，致病性和毒力逐渐降低，基于新冠病毒当前的发展阶段，2022年12月26日，国家卫健委发布了《关于印发对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”总体方案的通知》[3]，提出自2023年1月8日起对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”。
华银康集团作为第三方医学检验机构，始终牢记让人们的生活更健康的使命，积极响应国家政策号召，努力提升增值服务。现已完成新冠分型的研发，1月8日正式上线！
产品升级点
1
mNGS宏转录组学(RNA)新增新型冠状病毒鉴定及分型检测
可覆盖5种主要毒株谱系及其亚型检测：包括Alpha（≥10种亚型）、Beta（≥8种亚型）、Gamma（≥25种亚型）、Delta（≥300种亚型）、Omicron（≥789种亚型），共计3000+变异株亚型。
检测方法：将非人源序列与GISAID数据库收录的毒株进行比对，按照nextstrain和pangolin的分型方法进行病毒谱系分析并鉴定新冠病毒变异信息。
检测阈值：新冠病毒载量越高，分型结果越准确。mNGS宏转录组学(RNA)检出的新冠序列数大于3000即可分型；部分样本序列数大于1000也可分型。
报告展示：
病原宏转录组检测报告
2
四种常规tNGS产品，全面实现对新型冠状病毒的检测
检测方法：以新冠病毒参考基因组(NC_045512. 2)为基础设计特异性引物，在设计引物时需避开其它亚型的多态性位点，同时还需要避免与原有病原体的引物发生相互作用。新冠病毒通用型引物设计完成之后，加入原本tNGS引物体系中，经过重复性、一致性、检测下限等性能确认，最终实现对新冠的检测。
报告展示：
靶向病原微生物检测（tNGS）报告
tNGS产品新冠分型检测正在努力研发中，敬请期待！
本次升级加量不加价，以期助力新冠病毒的精准鉴定、分型以及变异追踪，为人们的健康生活尽一份绵薄之力。
华银康感染性疾病综合诊断中心
感染性疾病综合诊断中心以病原宏基因组测序（mNGS）、病原体靶向测序（tNGS）技术为核心，联合常见感染指标检测、显微镜检、PCR检测、质谱检测、免疫学检测、全自动化流水线微生物培养与药敏鉴定，形成优势互补的综合诊断平台；依托南方医科大学南方医院感染专家顾问团队，以临床患者诊疗需求为导向，形成特色的临床诊断路径，为不同感染症候群体提供更快、更全、更准的一站式感染综合诊断服务。
[1]COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU).ArcGIS. Johns Hopkins University.
[2]全球共享流感数据倡议组织(GISAID) GISAID - gisaid.org
[3]http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202212/e97e4c449d7a475794624b8ea12123c6.shtml
