在蛋白质组学研究领域，基于液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）技术可在生物样本中检测和相对定量上千个蛋白，目前已被广泛应用。Label-free技术具有不受样品标记数量限制，蛋白定量动态范围广，样品起始量低等优点；是目前蛋白组研究领域广受欢迎的研究方法。
Label-free（DDA，Data Dependent Acquisition）技术对每个样品分别进行蛋白提取、蛋白酶解、肽段分离和质谱检测，利用二级图谱进行蛋白鉴定，利用肽段峰面积信息进行蛋白定量。
华银康高通量测序中心能提供Label-free DDA 和Label-free DIA两种检测技术，助力科研人员对蛋白组定量的研究。
技术参数
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样品量 |
细胞类（>2×106细胞，离心沉淀>20ul） |
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样品要求 |
样品无污染 |
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重复 |
建议至少设置3个生物重复 |
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数据量 |
1组分*1小时梯度（简单样品） |
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质谱仪 |
QExactive |
技术优势
(1)更符合样本真实蛋白表达结果：更全面和权威的数据库和软件，同一样本能鉴定到更多的蛋白质种类；
(2)更专业的生信团队，具有多年的蛋白组学分析经验，能提供各种个性化的高级分析。
信息分析
生信分析总流程
标准信息分析
1）蛋白鉴定
2）蛋白功能注释：GO、KEGG、COG、EggNOG注释、亚细胞定位分析、转录因子分析、蛋白激酶分析
3）蛋白定量：样品间蛋白强度分布 、聚类、PCA分析、相关性和重复性分析
4）差异蛋白筛选
5) 差异蛋白功能注释：GO、KEGG、COG、EggNOG注释、亚细胞定位分析、转录因子分析、蛋白激酶分析
6）多比较组分析
7）其他高级分析
高级分析示例图
案例分析
蛋白质组学衍生的生物标志物组合提高了子宫内膜样和高度浆液性卵巢癌分类的诊断精度
卵巢癌是一种难治性疾病，在美国女性中的发病率为1.27％，其5年存活率只有46％。上皮性卵巢癌是一种生物学上异质性疾病，根据其组织特异性细分为5种亚型，它们按照发病率递减排序是：高度浆液（HGSC）、子宫内膜状、透明细胞型（CCC）、低度浆液性和粘液性卵巢癌。这些亚型代表了潜在的分子改变和临床症状的差异，随着组织特异性治疗理念的发展，准确的分类将成为精确医学治疗的前提。为了揭示两种最常见的卵巢癌临床亚型——HGSC和子宫内膜癌之间的差异，研究者通过lable-free方法比较了HGSC（10例）和子宫内膜癌（10例）的蛋白组成。结果鉴定出8种在子宫内膜癌中特异的蛋白标志物，然后使用免疫组化（IHC），在361例样本中验证了这8个蛋白的分类效果。
子宫内膜癌和HGSC的蛋白质组之间差异表达的蛋白质有500多种（P<0.05），排名靠前的106种蛋白足以正确区分90％的样品。IHC验证出KIAA1324是一种新的子宫内膜癌最有特异性的生物标志物。与仅使用WT1加TP53的诊断标准相比，本研究发现的8个蛋白标记物区分子宫内膜癌和HGSC的准确性更高，可以将HGSC的诊断率从90.7％提高到99.2％。子宫内膜癌特异性诊断标志物，如PLCB1，KIAA1324和SCGB2A1也与子宫内膜癌的良好预后显着相关，表明该临床亚型具有生物学异质性。蛋白质组学数据的通路分析显示子宫内膜癌和HGSC在雌激素和干扰素信号传导方面的差异。
图1 子宫内膜癌和HGSC的蛋白组数据比较
图2 选择子宫内膜癌蛋白标志物做下游验证
Dieters-Castator, D. Z., et al. (2019). "Proteomics-Derived Biomarker Panel Improves Diagnostic Precision to Classify Endometrioid and High-grade Serous Ovarian Carcinoma." Clin Cancer Res 25(14): 4309-4319.
